Данные и софт находятся на вашем сервере под вашим контролем.
Делайте своевременные обновления, меняйте периодически пароли, ставьте SSL сертификат, закрывайте ненужные порты на сайте.
В идеале в проекте должен быть системный администратор, занимающийся обслуживанием сервера.