1. Создаем пользователя в Windows Server (/Computer Management/Local users and groups/Users/Create user)
2. Создаем отдельный пул в IIS manager
3. У пула в настройках Advancced settings ставим Identity / Custom account / Set созданного пользователя
4. Даем доступы на запись в /uploads по необходимости для данного пользователя.